In sportlich wie finanziell schwierigen Zeiten während der 1990er Jahre übernahm Buddenberg damals als Schatzmeister, Vize-Präsident und Interimsvorsitzender die Verantwortung. Später gehörte er viele Jahre dem Ehrenrat an und engagierte sich bis zu seinem Tode ehrenamtlich für die Rot-Weißen.

Erstmals trat Werner Buddenberg auf der Führungsebene der Fortuna im Mai 1991 in Erscheinung, als er nach dem Ausscheiden von Werner Faßbender dessen Nachfolge auf dem Posten des Schatzmeisters antrat. Sechs Jahre lang überwachte er in dieser Funktion die Finanzen des Traditionsvereins, der sportlich durch vier unterschiedliche Ligen schlingerte, was sich auch finanziell bemerkbar machte. Die Fortuna war wirtschaftlich stark angeschlagen.

Nach dem überraschenden Rücktritt vom damaligen Präsidenten Jürgen Hauswald trat Buddenberg im Mai 1997 interimsweise dessen Nachfolge an – bis zur nächsten Jahreshauptversammlung im Oktober 1997, auf der er von den Mitgliedern im Amt bestätigt wurde. 1998 wurde Helge Achenbach sein Nachfolger und Buddenberg verabschiedete sich aus den Vorstandsämtern.

Erst im November 2024 wurde Buddenberg, der Inhaber des Bundesverdienstkreuzes ist, im Rahmen der Mitgliederversammlung unter großem Beifall zum Ehrenmitglied der Flingeraner ernannt.

Die Fortuna nimmt in großer Trauer Abschied von Werner Buddenberg, der den Verein über mehrere Jahrzehnte so sehr unterstützte und lebte wie kaum ein anderer. Ihm wird allzeit ein ehrendes Andenken bewahrt. Die Gedanken aller Fortunen sind bei dem Verstorbenen, das Mitgefühl gilt seiner Familie, den Angehörigen und allen, die Werner Buddenberg kannten und schätzten. Ruhe in Frieden.