Fortuna gehörte nicht zu den 16 Mannschaften, die für die 1963 neu geschaffene Bundesliga nominiert wurden. Erst drei Jahre später gelingt Fortuna der Aufstieg ins Oberhaus. Doch über einen dritten Platz kommen die Flingerer in 22 Jahren Bundesliga nicht hinaus. Dafür holt sie 1979 gegen Hertha BSC Berlin und 1980 gegen den 1. FC Köln nach fünf vergeblichen Versuchen endlich den DFB-Pokal nach Düsseldorf und schafft es 1979 bis ins Endspiel des Europapokals der Pokalsieger, das nach grossem Kampf denkbar knapp gegen den FC Barcelona. mit 3:4 nach Verlängerung verloren ging. Die folgenden Achtziger-Jahre bringen zunehmend nur noch wenige Highlights und enden 1987 im zweiten Bundesligaabstieg nach 1967.