Fortunas Abschiede aus der Bundesliga, der tiefe Fall und die Rückkehr in die 1. Bundesliga

Dominierende Persönlichkeit ab Ende der 1980er war zweifelsfrei Alexandar Ristic. Unter dem bosnischen Trainer schaffte die Fortuna zweimal den Aufstieg in die 1. Bundesliga - der im Jubiläumsjahr 1995 besonders kräftig bejubelt wurde.
1997 scheiterte die Fortuna jedoch erneut im Oberhaus und es folgten nach zwei weiteren Jahre Zweitliga-Zugehörigkeit der erneute Gang in die dritte Klasse.

Im Jahr 2001, begünstigt durch die Lizenzentzüge anderer Vereine, noch vor einem weiteren Abstieg bewahrt, waren die Flingeraner ab 2002 mit ihrer Ersten Mannschaft nur noch in der Oberliga Nordrhein vertreten. Die Viertklassigkeit war der absolute Tiefpunkt, der zwei Spielzeiten andauern sollte.

Immerhin gelang 2004 die Rückkehr in die Regionalliga Nord, die im Jahr 2008 in der bundesweiten 3. Liga aufging. Dort fanden die Rot-Weißen fünf Jahre ihre sportliche Heimat und scheiterten bereits 2008 nur denkbar knapp am Aufstieg in die Profiligen.

So sollten insgesamt zehn Jahre vergehen, bis im Mai 2009 die Rückkehr in die 2. Bundesliga und damit den bezahlten Fußball gelang. In den folgenden Saisons wusste sich das Team unter Chefcoach Norbert Meier bestens zu etablieren und beendete die Saisons einmal mit einem 4. und einmal mit einem 7. Tabellenplatz in der Abschlusstabelle. In der Saison 2011/2012 wurde die Fortuna sogar Herbstmeister in der 2. Bundesliga und überwinterte auf Tabellenplatz 1.

Im Januar 2012 wurde die Geschäftsstelle der Fortuna am Flinger Broich nach Toni Turek, ehemaligen Torhüter der Rot-Weißen und Weltmeister von 1954, benannt.

Nach Platz 3 in der Abschlusstabelle der 2. Bundesliga in der Saison 2011/2012 erfolgte die Relegation gegen den 16. der Bundesliga, Hertha BSC Berlin. Fortuna gelang im Hinspiel in Berlin ein 2:1 und im Rückspiel in der ESPRIT arena ein 2:2. Damit stiegen die Flingeraner nach 15 Jahren Abwesenheit zum 5. Mal in die Bundesliga auf.

Zeittafel

18. Juni 1989	3. Aufstieg in die Bundesliga.
16. Mai 1992	3. Abstieg aus der Bundesliga in die 2.Bundesliga.
6. Juni 1993	Abstieg aus der 2. Bundesliga in die Oberliga Nordrhein.
12. Juni 1994	Aufstieg in die 2. Bundesliga.
18. Juni 1995	4. Aufstieg in die Bundesliga.
31. Mai 1997	4. Abstieg aus der Bundesliga in die 2.Bundesliga.
17. Juni 1999	2. Abstieg aus der 2. Bundesliga in die Regionalliga.
28. Mai 2000	Fortuna schafft die Qualifikation für die zweigleisige Regionalliga und spielt in der Gruppe Nord.
9.Juni 2001	Trotz des sportlichen Abstiegs bleibt Fortuna aufgrund der Lizenzentzüge des FC Sachsen Leipzig und des SV Wilhelmshaven weiter in der Regionalliga Nord.
18.Mai 2002	Abstieg in die viertklassige Oberliga Nordrhein
23. Mai 2004	Aufstieg in die Regionalliga Nord. Bereits am 28.04, in einem Nachholspiel des 21.Spieltages, macht Fortuna durch eine 0:0 im Paul Janes Stadion gegen die Amateure von Bayer Leverkusen den Aufstieg vorzeitig perfekt. Am Ende der Saison belegt man jedoch nur Platz 2 der Tabelle, steigt aber dennoch auf, da der Erstplatzierte, die SSVg Velbert, keine Lizenz für die Regionalliga beantragt hat.
23. Mai 2009	Rückkehr in die 2. Bundesliga durch einen 1:0-Heimsieg gegen Werder Bremen II in der mit 50.095 Zuschauern ausverkauften LTU arena.
15. Mai 2012	Aufstieg in die 1. Bundesliga. Nach Erreichen des dritten Tabellenplatz in der 2. Bundesliga setzte sich Fortuna in der Relegation mit einem 2:1-Sieg am 10. Mai und einem 2:2 beim Rückspiel in Düsseldorf gegen Hertha BSC Berlin durch.
18. Mai 2013	Abstieg aus der 1. Bundesliga. Am letzten Spieltag verliert Fortuna mit 3:0 bei Hannover 96, steht damit erstmalig in der Saison auf einem Abstiegsplatz und muss den Weg zurück in die 2. Bundesliga antreten.