Dominierende Persönlichkeit ab Ende der 1980er war zweifelsfrei Alexandar Ristic. Unter dem bosnischen Trainer schaffte die Fortuna zweimal den Aufstieg in die 1. Bundesliga - der im Jubiläumsjahr 1995 besonders kräftig bejubelt wurde.
1997 scheiterte die Fortuna jedoch erneut im Oberhaus und es folgten nach zwei weiteren Jahre Zweitliga-Zugehörigkeit der erneute Gang in die dritte Klasse.

Im Jahr 2001, begünstigt durch die Lizenzentzüge anderer Vereine, noch vor einem weiteren Abstieg bewahrt, waren die Flingeraner ab 2002 mit ihrer Ersten Mannschaft nur noch in der Oberliga Nordrhein vertreten. Die Viertklassigkeit war der absolute Tiefpunkt, der zwei Spielzeiten andauern sollte.

Immerhin gelang 2004 die Rückkehr in die Regionalliga Nord, die im Jahr 2008 in der bundesweiten 3. Liga aufging. Dort fanden die Rot-Weißen fünf Jahre ihre sportliche Heimat und scheiterten bereits 2008 nur denkbar knapp am Aufstieg in die Profiligen.

So sollten insgesamt zehn Jahre vergehen, bis im Mai 2009 die Rückkehr in die 2. Bundesliga und damit den bezahlten Fußball gelang. In den folgenden Saisons wusste sich das Team unter Chefcoach Norbert Meier bestens zu etablieren und beendete die Saisons einmal mit einem 4. und einmal mit einem 7. Tabellenplatz in der Abschlusstabelle. In der Saison 2011/2012 wurde die Fortuna sogar Herbstmeister in der 2. Bundesliga und überwinterte auf Tabellenplatz 1.

Im Januar 2012 wurde die Geschäftsstelle der Fortuna am Flinger Broich nach Toni Turek, ehemaligen Torhüter der Rot-Weißen und Weltmeister von 1954, benannt.

Nach Platz 3 in der Abschlusstabelle der 2. Bundesliga in der Saison 2011/2012 erfolgte die Relegation gegen den 16. der Bundesliga, Hertha BSC Berlin. Fortuna gelang im Hinspiel in Berlin ein 2:1 und im Rückspiel in der ESPRIT arena ein 2:2. Damit stiegen die Flingeraner nach 15 Jahren Abwesenheit zum 5. Mal in die Bundesliga auf.